Союз муниципальных контрольно-счетных органов (далее – Союз МКСО) создан решением первой Всероссийской конференции, которая состоялась 13 мая 2002 года в городе Светлогорске Калининградской области. В Декларации, принятой конференцией, провозглашено, что Союз МКСО имеет целью объединение усилий муниципальных контрольно-счетных органов на решении задач социально-экономического развития муниципальных образований, повышении эффективности управления финансовыми и материальными ресурсами муниципальных образований.
Деятельность Союза МКСО направлена на решение задач по развитию единой системы внешнего муниципального финансового контроля и ее совершенствованию в условиях реформирования бюджетного процесса, на реализацию положений, содержащихся в бюджетном Послании Президента Российской Федерации, выполнение решений, принятых Общим Собранием (XIII Конференцией) членов Союза МКСО.
Приоритетным в деятельности Союза МКСО является помощь муниципальным контрольно-счетным органам в формировании и актуализации единой методической базы внешнего финансового контроля и реализации положений Федерального закона от 07.02.2011г. №6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований».
В практику работы контрольно-счетных органов активно внедряются новые методы и формы контроля. Практически каждое контрольное мероприятие проводилось с применением принципа эффективности. В практику внешнего муниципального финансового контроля все больше входят проведение контрольных мероприятий с использованием методов общественного контроля.
Установилась устойчивая тенденция к повышению эффективности использования средств местных бюджетов. Контрольно-счетные органы нацелены не только на выявление нарушений, но и на практическую помощь и профилактику нарушений.
В 2007 году Союз МКСО в соответствии с Федеральным законом «О государственной регистрации юридических лиц» получил статус юридического лица.
На юбилейной, посвященной 15-летию образования Союза МКСО, XVI Конференции Союза МКСО в 2017 году председателем Союза МКСО избран Владимир Витальевич Астафьев – председатель Контрольно-счетной палаты города-курорта Сочи.
Председатель Союза МКСО является единоличным исполнительным органом Союза МКСО, осуществляет общее руководство деятельностью Союза МКСО и возглавляет Президиум Союза МКСО. Председатель Союза МКСО исполняет свои полномочия на неоплачиваемой основе.
С 15.06.2017 г. Президиум Союза МКСО состоит из 17 человек. В их числе 8 председателей представительств Союза МКСО по федеральным округам и председатели рабочих органов (комиссий) Союза МКСО. Ревизионная комиссия Союза МКСО состоит из 5 человек.
На 30.11.2018 г. в Союз МКСО входит 328 членов.
За 2002-2018 годы проведено 17 Общих собраний (Конференций) Союза МКСО в Калининграде, Сочи, Омске, Волгограде, Череповце, Тюмени, Белгороде, Казани, Сочи, Томске, Брянске, Санкт-Петербурге, Перми, Магнитогорске, Вологде, Ульяновске и Челябинске.
На ежегодных Собраниях определяются приоритетные направления деятельности Союза МКСО, подводятся итоги работы, проделанной Союзом МКСО, вскрываются недостатки и формулируются задачи по совершенствованию муниципального финансового контроля. Перед участниками ежегодных Собраний с тематическими докладами, как правило, выступает Председатель Счетной палаты, заместитель Председателя Счетной палаты и аудиторы Счетной палаты Российской Федерации, руководители органов государственной власти субъектов Российской Федерации.
Важное место в деятельности Союза МКСО занимают вопросы оказания помощи муниципальным контрольно-счетным органам в формировании и актуализации единой методической базы внешнего финансового контроля и активизация работы по обеспечению положений Федерального закона от 07.02.2011 г. № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований».
Союз МКСО имеет свои представительства во всех федеральных округах Российской Федерации. По состоянию на 01 апреля 2021 года в состав Союза МКСО в Северо-Кавказском федеральном округе входят 49 муниципальных контрольно-счетных органа и представительных органа местного самоуправления. В составе представительства, от Республики Дагестан представлено – 24 органа, от Ставропольского края - 11 органов, от Кабардино-Балкарской Республики – 7 органов, от Республики Ингушетия – 2 органа, от Карачаево-Черкесской Республики – 2 органа, от Республики Северная Осетия-Алания – 2 органа, от Чеченской Республики – 1 орган.